Depois de ter obtido as mais altas honras e aplausos, decidiu deixar tudo para seguir a vocação missionária. Em 1749, quando estava a pregar a quaresma, em Petra, a sua cidade natal, recebeu a notícia de que estava tudo resolvido para partir para o Colégio dos Missionários de São Fernando, na capital do México.
Frei Junípero sempre tinha escondido dos seus pais a vocação missionária que o animava e, terminada a Quaresma, despediu-se deles, já idosos, sem mencionar a sua nova missão, a sua próxima partida para a América. Naquele momento, não queria preocupá-los e, com um forte abraço que lhe que lhe esmagava o coração, partiu para não mais voltar a vê-los. A 13 de Abril de 1749, deixou para trás a sua terra e embarcou para a aventura da sua nova missão.
Depois de uma longa e perigosa viagem de 99 dias, chegou a Veracruz na costa mexicana. Com outro companheiro, percorreu, a pé, cem léguas, até chegar ao Colégio dos Missionários de São Fernando. Durante esta caminhada, por causa da picada de um insecto, abriu-se-lhe numa perna uma ferida que o acompanhou até à morte.
Seis meses após a sua chegada, partiu, com um grupo de voluntários, para o coração da Sierra Gorda, onde iniciou a sua brilhante carreira missionária. Permaneceu oito anos naquela terra inóspita, onde muitos outros falharam. O seu historial foi muito diferente. Sempre incansável e empreendedor, aprendeu a língua nativa. Ensinou a cultivar as terras. Edificou fazendas e oficinas. Iniciou os índios nos mais elementares rudimentos das ciências e das artes. Treinou-os nos princípios básicos do comércio. Ensinou-lhes, de modo particular, os fundamentos doutrinários da fé católica. Foi tal a transformação realizada naquela área montanhosa que, de um areal infrutífero, os vales se transformaram em fecundo pomar. E os índios, semi-selvagens e grosseiros, converteram-se em cidadãos sociáveis, instruídos nos diferentes campos da actividade humana, daqueles tempos. Da actividade extraordinária do Padre Serra neste recanto da montanha, existe, ainda hoje, em Jalpan, como testemunho eloquente, um esbelto e artístico templo, em estilo churrigueresco, construído sob a sua direcção. [N.T.- Estilo barroco espanhol, da primeira metade do séc. XVIII, criado pelos arquitectos Churriguera: uma família de arquitectos barrocos cuja obra se caracteriza por uma decoração pesada.]
Em plena euforia pelo seu trabalho na Sierra Gorda, foi chamado para cuidar das missões de São Saba, no Texas, que tinham sido devastadas pelos Apaches, tendo morrido os seus missionários. Frei Junípero aceitou, feliz, esta missão, estando ciente de que se expõe a sofrer o martírio. Mas Deus tinha-lhe reservado um caminho bem diferente. Na verdade, o projecto que lhe tinha sido proposto não se concretizou. Frei Junípero, livre destas obrigações, dedicou-se à pregação, promovendo missões populares em todo o território da Nova Espanha, mostrando, uma vez mais, as suas grandes qualidades pastorais. Fruto da sua pregação fervorosa, houve muitas conversões e multidões de penitentes se jorraram a seus pés pedindo o perdão para os seus pecados.
Naquela época, os jesuítas foram expulsos de todos os territórios espanhóis e, por isso, foram abandonadas as missões de Baixa Califórnia. O Governo do Vice-Rei encarregou os Franciscanos de preencher esse vazio e, mais uma vez, o P. Serra foi chamado para partir, com outros dezasseis religiosos, a cumprir nova tarefa.
Em 14 de Março de 1769, embarcou para Loreto, na Baixa Califórnia e, enquanto toma posse do seu cargo, elaborou planos, distribuiu o pessoal e visitou várias missões. Depois de um ano neste ministério, chegou a notícia de que os russos, partindo do Alaska, pretendiam ocupar a costa oeste da América do Norte. Para se lhes adiantar, o Vice-Rei, Marquês de Croix, encarregou o General D. José de Gálvez de organizar uma expedição para conquistar aquelas terras.
Gálvez começou imediatamente a tratar da operação, reunindo os seus oficiais para elaborar o plano; mas, logo se dá conta de que há uma pessoa chave e imprescindível para o feliz êxito daquele empreendimento: o Padre Junípero Serra. Gálvez sabia bem que as armas e os canhões eram insuficientes para uma conquista estável e duradoura. Era essencial conquistar, para além do território, o coração dos índios, e esta tarefa fundamental só se poderia enfrentar com as armas da fé e o estandarte da cruz. Então, o próprio General convocou o responsável dos missionários franciscanos e, ambos, elaboram o plano a seguir. Importa sublinhar o papel desempenhado pelo P. Serra no cuidado e no desenvolvimento dos preparativos.
O P. Serra iniciou a sua caminhada para norte, incorporado na expedição militar do Comandante Portolá. A preocupante ferida da sua perna ulcerada tornava tão pesado e desajeitado o seu caminhar que outros ter-se-iam dados por vencidos e desistindo do empreendimento. Porém, Frei Junípero não desiste.
No dia 1 de Julho de 1769, chegaram no porto de San Diego e, enquanto as tropas içavam a bandeira de Espanha e levantavam o acampamento, o Padre Serra implantou a cruz, solidamente fixada ao chão, e fundou a primeira missão na Alta Califórnia. Concluído o lançamento da primeira pedra do Cristianismo, naquelas terras distantes, Frei Junípero, enxugando o rosto, deixou escapar um profundo suspiro de satisfação ao ver o sinal de Cristo levantado no meio de um povo completamente pagão.
Ao princípio, as relações com os nativos não foram tão cordial como seria desejável. A rapina e a violência faziam parte do dia-a-dia daquela gente. Os índios roubavam o que podiam e, em dado momento, atacaram o desprevenido o acampamento espanhol. Como resultado desta luta sangrenta, morreu o colaborador índio a quem o P. Serra muito apreciava.
Este primeiro contacto com os naturais do lugar, tão adverso como desagradável, não foi capaz de impedir a acção missionária de Frei Junípero. Pelo contrário, o seu espírito saiu fortalecido e aumentou a seu amor por aqueles índios, a quem apreciava e queria converter em vassalos de ambas as majestades: o Rei dos Céus e o Rei de Espanha. Sem dúvida alguma, a tenacidade do Padre Serra foi um factor importantíssimo para que não fracassasse, logo de início, a conquista da Alta Califórnia. As provisões de alimentos chegaram a escassear de tal forma que o Comandante Portolá ordenou a retirada. Com este passo atrás, o Padre Serra via cair por terra todo o seu afã de converter aquelas populações. Mas as suas orações foram atendidas: foi suspensa a ordem de retirada e, entretanto, chegou o barco com novos recursos.
Foi retomada a marcha seguindo o plano pré-determinado. Logo que chegaram a Monterrey, Frei Junípero instalou-se junto do Rio Carmelo e, aí, fundou a segunda missão, que se tornou na residência habitual. Daqui, Frei Junípero partiu, muitas vezes, para ampliar as fronteiras de conquista espiritual.
As maiores dificuldades que o P. Serra encontrou na sua tarefa missionária, e que muito o fez sofrer, foram as incompreensões e a falta de apoio dos governantes da Califórnia. A acção dos missionários estava sujeita ao poder civil e militar; por isso, mais de uma vez, os frades foram oprimidos e constrangidos pelos interesses e caprichos daqueles que tinham outros projectos e outros ideais. Foram tempos difíceis para os missionários, ultrapassados com diplomacia, muita persistência, paciência e caridade.
Apesar das dores provocadas pela úlcera da sua perna e do desconforto da viagem, Frei Junípero dirigiu-se à Corte do Vice-Rei do México para, aí, tratar dos problemas das missões e encontrar soluções para intromissões e discrepâncias do Governador do Califórnia. O Vice-Rei, D. Antonio Maria Bucareli, recebeu, com singular afecto, o zeloso missionário. Escutou as suas razões ficou convencido quer dos seus argumentos, quer do seu zelo e da sua santidade. O Padre Serra agiu com tal entusiasmo e determinação que não só convenceu e saiu airoso desta tarefa, mas também pôde voltar às suas missões carregado com abundantes alimentos, tecidos e utensílios de toda a espécie.
Com tais reforços e protegido pelas novas regras emitidas para o governo da Província da Califórnia, elaboradas por ele e aprovadas pelo Vice-Rei, Frei Junípero encheu de entusiasmo os seus missionários e, de novo, se abrem largos horizontes ao zelo evangelizador daqueles homens.
Já tinham sido fundadas as missões de San Diego, São Carlos em Carmelo, Santo Antonio, São Gabriel e São Luís; agora, foram criadas as missões de São Francisco, São João Capistrano, Santa Clara e São Boaventura. Para além disso, iniciou-se a fundação da missão de Santa Bárbara, que o Padre Serra não chegou a ver porque, antes, foi visitado pela irmã morte.
O seu zelo pelas almas e o seu dinamismo em erigir mais obras levavam-no a deslocar-se, continuamente, de cerro em cerro, entre vales e montanhas, para assim poder congregar o índio disperso e desprovido de tudo, dando-lhe abrigo e sustento junto da acolhedora missão. Frei Junípero percorreu milhares e milhares de quilómetros, durante a sua vida tão fecunda. Coxeando e valendo-se de um bastão, atravessou, repetidamente, os campos floridos da Califórnia para visitar as missões e estar mais perto dos seus irmãos missionários. A todos escuta e atende. Toma a seu cargo cada situação específica. Procura e apresenta acertadas soluções. Dá novas orientações e sábios conselhos. Prega, baptiza, confirma, confessa, e ainda tem tempo para o que lhe é mais precioso: cuidar dos problemas e das necessidades dos seus queridos índios.
Este homem, de temperamento forte e de carácter firme, mas afável, de dotes singulares e de iniciativas ambiciosas, nunca cedeu e nunca recuou. Mas, por fim, caiu rendido no encontro com a irmã morte. Frei junípero faleceu no dia 28 de Agosto de 1784, na missão São Carlos Borromeo, junto do Rio Carmelo, perto de Monterrey.
Os que permaneceram ao seu lado, choraram a perda de um verdadeiro pai. Experimentaram o triste desaparecimento do seu grande benfeitor. Como expressão da mais sincera gratidão, amortalharam "pai velho" - como carinhosamente era chamado - com as suas abundantes lágrimas de tristeza e com as flores daqueles campos, tantas vezes trilhados por aqueles pés de peregrino.
Além da imensa actividade missionária e civilizadora desenvolvida pelo Padre Serra ao longo da sua vida, à sua iniciativa se devem as nove primeiras missões das vinte e uma fundadas pelos franciscanos espanhóis, na Alta Califórnia. Não é de admirar que o Padre Francisco Palou, seu discípulo, amigo e biógrafo, tivesse deixado gravadas estas palavras proféticas: "A sua memória não se apagará, porque as obras que ele fez, enquanto vivia, hão-de ficar estampadas nos habitantes da Nova Califórnia".
O Padre Frei Junípero Serra foi beatificado pelo Papa João Paulo II, em Roma, no dia 25 de Setembro de 1988. Será canonizado no dia 23 de Setembro, pelo Papa Francisco, aquando da sua visita aos Estados Unidos. São Junípero Serra será o primeiro santo hispânico dos Estados Unidos da América.
A sua memória litúrgica celebra-se no dia 28 de Agosto.
















